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Linuxに詳しくなければ導入は難しいかな
Windowsに比べると、標準で搭載されているLinux上で日本語入力システムは下手するとWindows 3.1時代のものより劣ると思います。そこにATOKXを導入することで日本語入力は天と地の差。まだ現在使用されているWindowsの日本語入力システムに比べると劣りますが、使用勝手は問題ありません。導入に関しては少しややこしいので、ある程度Linuxの知識がないと難しいかもしれません。導入さえ簡単にできるようになれば、Linux上での日本語入力システムだけで考えれば、星4つ上げたいところです。一端導入してしまえば、RHEL3及び4＋OpenOffice 2(beta)では特認問題なく使用できています。但し、導入方法はWEBから探す必要があります。
要注意
centuryさんの指摘通りで、とくに最近のdistributionで使うには不具合が多いと思います。保証外ながら記載されているジャストのサポート情報(HP)の参考例通りには動きません。
　linux初心者にはきついでしょう。
性能はいいけれど
MacやWindowsで使い慣れた操作と、優れた変換性能を体験できます。変換方法や濁点などの設定もWindows版などと同様GUIで簡単に設定できます。これらの点では非常にお勧めできます。

ただ問題は起動時の設定とJustSystemの対応でしょうか。LinuxではOSやアプリケーションのバージョンアップが結構頻繁にあります。しかしながらATOKX(およびそのWebページ)はアップデートがほとんど無く、そういったニューバージョン環境での動作確認や設定への対応がなされていません。(具体的にはRedHat7以降やVine2.5以降はサポート外、XFree86-4.2、OpenOfficeでの不具合など)このあたりを自分で何とかできる人にはいいと思います。自信のない人は自分の使いたい環境で安定動作しているか、しているならその設定方法などはインターネットなどで調べておくのがよいでしょう。